BIOLOG – NOV SISTEM ZA DOLOČANJE FITOPATOGENIH IN DRUGIH PO GRAMU NEGATIVNIH BAKTERIJ
Kmetijski
inštitut Slovenije, Oddelek za varstvo rastlin, SI-1000 Ljubljana, Slovenija
Za identifikacijo bakterij se lahko uporabljajo različne metode. Odgovor na vprašanje
ali je neka rastlina okužena z neko določeno bakterijo iščemo z uporabo
hitrih metod, specifičnih za iskani organizem. Take so tarčno usmerjene
imunološke reakcije ali analiza nukleinskih kislin. Pri iskanju odgovora na
vprašanje kateri organizem je zastopan v vzorcu pa je potrebno uporabljati bolj
splošne metode. Taka je npr. analiza profila maščobnih kislin v bakterijskih
celicah, ki zahteva drago opremo, izkušen kader in je primerna, kadar
analiziramo veliko število vzorcev. Tradicionalne metode so cenejše, vendar
zahtevajo veliko dela in so dolgotrajnejše. Biolog z novim pristopom
poenostavlja, standardizira in pospešuje klasične postopke testiranja
metabolnih značilnosti izolatov. Na Kmetijski inštitut Slovenije pogosto
prihajajo posamezni vzorci različnih rastlin, pri katerih so bolezenska
znamenja lahko posledica okužbe z različnimi bakterijami. Večina
fitopatogenih bakterij se po Gramu barva negativno, zato nam Biologov GN sistem
bistveno olajša identifikacijo teh bakterij. Pri uvajanju sistema v preteklem
letu smo z njim določili fitopatogene bakterije v glavnem iz rodov Agrobacterium in
Xanthomonas. Sistem pa je primeren tudi za identifikacijo po Gramu
negativnih bakterij, izoliranih iz drugih okolj, npr. s površja zdravih
rastlin, iz živali, ljudi, voda ali tal.
Abstract
Different
methods can be used for identification of bacteria. The answer on the question
if a plant is infected with a
certain bacteria can be obtained by the use of rapid methods, specific for the
concerned organism, for example targeted immunological tests or nucleic acid
analysis. In search for the answer on the question which organism is present in
a sample more general methods must be used. For testing larger quantities of
samples analysis of fatty acid profil can be used, but expensive equipment and
specialised personal is needed. Traditional methods are less expensive, but they
are laborious and time-consuming. New approach developed by Biolog Inc. is
speeding, simplifying and standardizing the classic processes of
metabolic characterization of isolates. Single samples of different
plants with symptoms that can be caused by a variety of bacteria are often
received at the Agricultural institute of Slovenia. Since most of the
phytopathogenic bacteria are Gram negative
the Biolog GN system facilitates identification of these bacteria.
Introducing the system in the last year phytopathogenic bacteria mostly from the
genuses Agrobacterium and
Xanthomonas were determined. The system is also suitable for identification
of Gram negative bacteria isolated from other sources like surfaces of healthy
plants, from animals and humans, from water or soil.